马德里注册的优点：

1 、手续简便 
商标申请人可仅通过向主管局提交一份申请而在多个被指定国同时获得商标保护，申请手续简便。 
2 、费用低廉 
商标申请人在马德里所有成员国就一个类别申请商标注册所需的费用是逐一国家申请注册所需费用的 1/12 ～ 1/11 。 
3 、时间快捷 
从国际注册日起，如果被指定国在规定的期限内（依照协定书为 12 个月，依照议定书为 18 个月）没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。 

    马德里注册的缺点：

1 、注册国家的局限性 
马德里联盟成员国偏重于欧洲国家，一些同我国贸易联系密切的国家，诸如美国、加拿大及东南亚各国目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。 
2 、要求以国内申请 / 注册为基础 
国际注册必须以国内商标申请 / 注册为基础。在《马德里协定书》项下，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告；在《马德里议定书》项下，申请必须基于相同商标的国家注册申请，因此，在申请的时间上有一定的限制。 
3 、注册效力的不稳定性 
由于国际注册要求以国内申请 / 注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为 " 中心打击原则 " 。